как сделать невидимый слой в фотошопе онлайн

Так же как и в обычном - задать "Непрозрачность" 0%
Или Вы имели в виду прозрачный фон (слой)? тогда в параметрах слоя выбрать фон - прозрачный, а если это фон - преобразовать его в слой (Слой из заднего фона по клику правой клавишей в окне слои) и затем удалить сам фон - в таком режиме, прозрачность - следствие отсутствия цветозаполненных пикселей

Должен быть пункт меню: Слой - Создать новый.

Во-первых, никакого фотошоп он-лайн не существует! Точнее так называют (и более того, за него выдают) не менее десятка различных веб сервисов, чаще всего Pixlr Editor (зеркал этого сервиса от Autodesk уже наверное тысячи). Соответственно чтобы ответить на данный вопрос нужно знать какой сервис вы используете (у них у всех есть свои собственные названия и Photoshop в названии присутствует лишь у сервиса Adobe Photoshop Express Editor, возможности которого очень ограничены, по моему там нет даже работы со слоями)
Во-вторых, формулировка вопроса не позволяет точно определить что вы подразумеваете. То ли это изменение непрозрачности слоя, то ли отключение его видимости, то ли удаление всех непрозрачных пикселей и так далее.
Задайте вопрос по человечески, снабдив людей необходимой информацией - получите ответ, а до тех пор лишь малополезные домыслы