Одновременно две версии работать не будут никогда. Для ОС (сервера) они всяко PHP и ничто иное (конечно ничто не мешает залезть в глубинную глубину и переназвать процессы). Попытка запустить другую версию будет справедливо блокироваться "уже запущено". И никакой chroot тут ни при чём. Запускать их порознь то один, то другой, никто не мешает.
Соберите несколько версий PHP и положите их в разные директории.
Дальше вы можете:
1. заставить сервер использовать различные интерпректаторы с помощью директив AddType и Action, указанных в секции Directory вашего конфига или в .htaccess. Просто пишите в них разные пути до PHP. PHP в этом случае будет работать через CGI.
2. заставить сервер выбирать интерпретатор в зависимости от расширения файла. Помогут все те же Action и AddType, но надо указывать разные типы в AddType и разные расширения. Пример:
AddType application/x-httpd-php53 .php .php53
Action application/x-httpd-php "/opt/php5.3/bin/php-cgi"
AddType application/x-httpd-php52 .php52
Action application/x-httpd-php "/opt/php5.2/bin/php-cgi"
3. Ту версию PHP, которая для вас наиболее актуальна (больше всего проектов/сайтов) подключайте через Fast-CGI (пакет php-fpm) — повысит производительность сервера.
4. Модулем лучше не ставить PHP, поскольку любой косяк в работе самого интерпретатора непременно скажется на работе Apache в целом, т. к. фактически это будет единое приложение в случае использования модуля
Важно чтобы два сервера не использовали один и тот же порт - запустится только один. Какой интерпретатор абсолютно не важно. Их можно запускать хоть 300 копий. Сетевых технологий они не используют, ограничения тут только на количество процессов (примерно 65535).